本实用新型公开了一种生产酵素的微反应器，包括反应箱体、盖体、进料口和出料口，所述反应箱体内部和外部均设有加温机构，所述反应箱体内部的加温机构包括第二加温腔和第三加温腔，所述第三加温腔内部中心处设有第一隔离腔，所述第二加温腔和第三加温腔之间设有第二隔离腔，所述第一隔离腔底端与第二隔离腔连通，所述第二隔离腔内部设有驱动机构。本实用新型通过在反应箱体内设有搅拌机构，并将搅拌机构设有四组，同时将搅拌机构工作时进行上下翻动搅拌，可以避免反应箱体内部底端的物料得不到充分混合反应，且四组搅拌轴同步搅拌，可以保证反应箱体内的物料混合效果好，从而保证箱体内的物料发酵效果好，便于使用。