本实用新型公开了一种微生物培养基分装装置，包括分装装置本体，所述分装装置本体包括外架、设置于外架内的容纳腔、设置于容纳腔下方的自动定位转盘以及固定于容纳腔外侧壁上的微处理器，所述容纳腔包括上腔室和下腔室，所述上腔室和下腔室之间通过连接管连通，所述连接管上设有第一电磁阀，所述下腔室的底部设有向下的出料管，所述出料管上设有第二电磁阀，所述自动定位转盘的顶部固定设有一个固定盘，所述固定盘上且对应于出料管正下方的位置处设有若干个沿着固定盘的周向方向均匀分布的定位孔，所述定位孔的底端设有向下延伸的定位环。本实用新型结构简单，设计合理，造价低，分装方便，精确度高且适于实验室小规模使用。