本实用新型涉及一种用于湖水中流感病毒及共生菌浓缩收集装置，其包括采集器、抽水泵和磁吸附柱，磁吸附柱可吸附或松开用于吸附流感病毒及共生菌的磁珠；采集器的前端设有触摸屏，内部设有抽水泵，其一侧设有入水口和出水口，抽水泵的吸水管口连通入水口，采集器的后端设有支架，支架上设有可转动轴，可转动轴上设有一U型架，U型架的两端开口处均设有连接管，连接管与磁吸附柱卡接连通，抽水泵的出水管口连通U型架的一端，U型架的另一端连通采集器的出水口，通过触摸屏控制抽水泵的启动与停止。本实用新型装置可有效捕获湖水中的病毒，通过其他检测对免疫磁珠捕获的目标微生物进行准确检测，其有效解决的大量湖水难以筛查病原检测及费时费力等问题。