本实用新型涉及微流体动态混合技术领域，且公开了一种微流体动态混合器，包括主机外壳和活动保护件，所述主机外壳顶部固定连接有开关按钮，所述主机外壳正面活动连接有检修门，所述主机外壳内部左侧固定连接有电机，所述电机的输出轴上传动连接有传动皮带，所述主机外壳内部活动连接有飞轮。该微流体动态混合器，通过把微流体容器上的管道插入到连接套管内，使微流体进入到混合仓内部，微流体被进液管内的分液片分开，使两股微流体进行静态混合，当需要动态混合的时候打开开关按钮使活动保护件做上下运动，混合仓内的活动弹珠对进入的微流体进行动态混合，达到了一个装置能进行静态混合和动态混合的效果。