本实用新型提供了一种黑臭河涌的生态修复系统，该系统包括：点源治理模块，包括连接于排污口的净化池，设置于河岸上，所述净化池中填充有净化介质，所述排污口的污水经所述净化介质净化后流入河道内；内源治理模块，包括安装于所述河道内的曝气设备和浮岛，所述浮岛围绕所述净化池设置，所述浮岛上种植有第一挺水植物，所述浮岛的下部安装有生态基；面源治理模块，包括坡面植被和第二挺水植物，所述坡面植被种植于所述河道的两侧的河岸上，所述第二挺水植物种植于所述河道的两侧；以及监测模块，包括安装于所述曝气设备上的监测装置。本实用新型解决了黑臭水体的传统治理效果差、持续时间短的问题。