本实用新型提供了一种秸秆生物工程原位还田处理装置，包括秸秆还田机本体，所述秸秆还田机本体包括机架，所述机架上设有防尘盒，所述防尘盒的底部和前部敞开，所述防尘盒的后部设有连接孔，所述秸秆还田机本体设于所述防尘盒内，所述防尘盒内设有竖直的喷嘴安装板，所述喷嘴安装板位于所述秸秆还田机本体的前端，所述喷嘴安装板上设有喷嘴，所述喷嘴连接有输送管和料泵，所述料泵置于溶液罐内。本实用新型的秸秆生物工程原位还田处理装置，同时具有秸秆粉碎还田和向粉碎的秸秆喷洒生物腐熟菌剂的功能。所述防尘盒配合喷洒的液体的生物腐熟菌剂，还能有效的抑制颗粒飞舞、降扬尘。