本实用新型公开一种植物内生菌施用装置，包括滴灌组件、通气组件、物生物隔离件和通气盖，滴灌组件包括储液管和穿刺管，通气组件包括与储液管可拆卸设置的端盖、与端盖连通，并垂直设置的通气管，通气管区分为第一通气管和第二通气管，第二通气管的内径小于第一通气管的内径，微生物隔离件设置在第二通气管内，阻断外界的微生物进入到储液管内，通气盖可拆卸的设置在第二通气管的端部，通过穿刺管插入至植物上开设的孔洞，将储液管内的内生菌滴入至植物内，在整个滴灌过程中，内生菌不与外界环境接触，而且通过物生物隔离件隔离外界微生物或者水雾进入到储液管内，保证内生菌的施用环境，提高了内生菌对植物的作用效果。