本实用新型提供一种垃圾中转站生物除臭系统，包括配料间、一级除臭间、二级除臭间和控制器，所述配料间包括水源、进水控制单元、进料控制单元、生物酶加药装置和合成罐。本实用新型通过臭气检测仪对一级除臭间内的气体种类及浓度进行检测，在控制器的作用下，设有进水电磁阀和进水流量计的进水控制单元以及设有进料电磁阀和进料流量计的进料控制单元对进水量及进料量的比例进行控制，以达到臭气环境所需的药液浓度，具有针对性的处理，提高除臭效果的同时避免了药液的浪费，并通过雾化的药液对一级除臭间内的臭气进行初步处理和对二级除臭间内的臭气进行二次处理，避免了吸附池内部分臭气挥发导致除臭处理不彻底，可充分达到除臭效果。