本实用新型公开了一种单细胞自动取样仪，包括正置成像系统、显微切割系统、样品台系统和样品提取系统，正置成像系统包括设置在CCD调节支架上的高清成像CCD和显示器，显微切割系统包括空心切割针头、切割探头调节架，与空心切割针头连接的高速马达，空心切割针头和高速马达设置在切割探头调节架上，样品台系统包括样品台和设置在样品台上的样品加热台，样品加热台上设置样品片，空心切割针头通过切割探头调节架对准样品片待切割区域正上方，通过CCD调节支架调节高清成像CCD将待切割的区域成像于显示器上，品提取系统包括与空心切割针头连接的吸管，以及与吸管连接的真空泵。样品加热台上设置有刻度标尺。本实用新型产品具有微小区域精密切割、不影响切割区域内细胞及组织活性、操作简单方便、切割效率高、使用成本低等优点。