本实用新型提供了一种清洗系统及样本分析仪，清洗系统包括第一容器、第一冲刷单元、加液器及加液针；第一容器用于存储清洁液；第一冲刷单元连接于加液器与第一容器之间，用于过滤清洁液，并将过滤后的清洁液加压后送入加液器；加液器连接于加液针。如此，第一冲刷单元将第一容器内的清洁液抽出，然后过滤、加压后送往加液器内，加液器连接于加液针，故加压过滤后的清洁液能够快速运动至加液针，从而对可能粘附在加液针上的堵塞物形成冲力，进而在清洗加液针内壁的同时有效将堵塞物排出。样本分析仪包括上述清洗系统，因而具备该清洗系统的全部有益效果。