本实用新型公开了一种脚踏式船用锚机主令控制器，包括信号发生器、可编程控制器、脚踏式启动按钮、脚踏式调速按钮、脚踏式反转按钮以及嵌设于甲板上的埋入式水密封壳体，脚踏式启动按钮、脚踏式调速按钮和脚踏式反转按钮均凸伸于埋入式水密封壳体的顶部且相对于其可弹性复位，信号发生器和可编程控制器电连接且均安装于埋入式水密封壳体内部，可编程控制器、脚踏式启动按钮和脚踏式调速按钮在按下后与信号发生器连接以发出相应的信号至可编程控制器，埋入式水密封壳体的底部还固定有电缆引入装置。本实用新型提出的脚踏式船用锚机主令控制器，既能够方便锚机操作人员能够一体化操作，又消除了大风浪对主令控制器冲击的影响，确保了设备安全。