本实用新型公开了一种离子交换树脂分离纯化肝素的装置，涉及肝素加工术领域，为解决目前市面上的离子交换树脂分离纯化肝素的装置在提纯过程中容易出现沉淀，进而降低提纯的效率与质量，同时内部清理十分困难的问题。所述搅拌轴的表面固定连接有搅拌叶,所述连接杆的另一端固定连接有刮料片，所述第一导气管的另一端固定连接有冷凝箱的一侧，所述第二导气管的另一端与冷凝箱下端的一侧固定连接，所述冷凝箱下端的另一侧固定连接有第三导气管的一端，所述第三导气管的另一端固定连接有风机，所述分离纯化箱与反应箱通过回流管相互接通，所述反应箱的一侧固定连接有反应挤箱，所述反应箱的下端设置有进料口。