本实用新型公开了一种中药材专用选种装置，包括提升机、输送管、料斗、选种装置主体、通风机、第一连接管道、第一分离器、第二连接管道、第三连接管道、第二分离器、第四连接管道、第三分离器、第五连接管道、杂物收集装置、风筒和隔板，所述提升机顶部通过输送管与料斗连接，所述料斗右侧设置有选种装置主体，所述选种装置主体底部设置有风筒，所述风筒右侧设置有通风机。该中药材专用选种装置设计更加新颖，整体结构连接更加合理化，通过橡胶管道将各个装置合理化的进行连接，并根据重力通过旋风分离器对种子进行分离，能够对种子的杂质进行快速分离，以得到质量好的种子，大大提升了中药材的种植质量。