本实用新型公开了一种冻存架输送机构及输送系统，属于生物样本冻存技术领域，包括输送底架和驱动输送底架往复移动的底架驱动机构，输送底架上的两端分别具有勾动冻存架的勾卡件，勾卡件均呈勾状；输送底架上两端的勾卡件的勾口相对，且两端的勾卡件在输送底架移动方向上不共线。一个机构实现了整列冻存架两个方向的移动输送，通过一底架驱动机构带动输送底架即可，结构简化，驱动器件较少，而且本输送机构设置在整列冻存架的下方，不需占用冻存架阵列外围的空间。