本实用新型公开了一种基于生理特征检测的封闭式安全防疫养殖系统，包括作为养殖场所封闭式养殖舍单元和用于检测养殖舍内养殖动物的生理特征检测单元，封闭式养殖舍单元内设有若干个喂养室，封闭式养殖舍单元上设有消毒进气机构；每个喂养室的底面设有漏缝地板，每个喂养室的顶部设有水洗喷淋装置，漏缝地板连接有自动排气及排粪机构；每个喂养室还连接有向其进料的进料机构；生理特征检测单元包括身份识别模块、生理特征采集模块和分析预警模块。本实用新型通过养殖场所的养殖环境及养殖动物的生理特征检测的双管齐下，有效解决了养殖过程中的安全防疫问题。