本实用新型公开了高效液相色谱仪的多元高压输液泵系统，包括机箱，所述机箱上依次设有三个以上的泵，每个所述泵具有流通入口、流通出口、清洗入口及清洗出口，每个所述流通入口各自连接流动相输入管，所有所述流通出口共同连接排空装置，所述排空装置与高压混合器相连接，每个所述泵的清洗出口与另一个所述泵的清洗入口相连接至所有所述泵之间形成一个闭合的清洗管路，其中一个所述泵的清洗出口与另一个所述泵的清洗入口之间连接有清洗液瓶和与所述清洗液瓶相连接的柱塞杆清洗泵。本实用新型使用多通道对多种流动相进行输送，并保证检测结果的准确性和稳定性。