本实用新型公开了一种防水型电动自行车用电机装置，包括齿轮箱，齿轮箱的右侧面设置有防护机构，防护机构由第一防护管、第二防护管、第一密封垫、第二密封垫和防护箱组成，齿轮箱和防护箱之间设置有驱动机构，驱动机构由一个驱动电机、若干个导热板、一个传动杆和一个主动轮组成，主动轮啮合连接有位于齿轮箱内部的从动轮。本实用新型通过设置第一防护管、第二防护管、第一密封垫、第二密封垫和防护箱能够对驱动电机进行防护，从而减少雨水进入防护箱和齿轮箱内部的情况，从而达到防水的效果，进而减少雨水对驱动电机造成的损坏，并且导热板能够将驱动电机的外壳与防护箱之间相连，从而实现热量的传递，进而提高驱动电机的散热效果。