本实用新型公开了一种低温细胞无菌灌装系统，包括无菌隔离箱；设于所述无菌隔离箱内的细胞灌装设备，用于灌装细胞；降温设备，用于向所述无菌隔离箱内输送低温空气以维持所述无菌隔离箱内环境温度为1‑8℃；设于所述无菌隔离箱上的过滤装置，用于过滤输送至无菌隔离箱内的空气。本实用新型通过无菌隔离箱和降温设备，灌装时实现：灌装处于无菌状态，免除细胞被污染；灌装区内温度处于恒定低温，细胞活性高，可适应灌装物的种类多，适用范围广；灌装无需人工监控，降低工人劳动强度。