本实用新型涉及医疗装置技术领域，尤其涉及采用电针刺激经络穴位的瘫痪肢体运动功能重建系统，包括肌电信号采集电极阵列、肌电信号处理电路、肌电信号特征提取电路、刺激脉冲生成电路和电针阵列，所述肌电信号采集电极阵列采集健康肢体运动时经络传递的电信号，所述肌电信号处理电路用于处理电信号；所述肌电信号特征提取电路用来提取肌电信号的时域和频域特征；所述刺激脉冲生成电路生成功能电刺激脉冲；所述电针阵列将功能电刺激脉冲引入到目标经络的穴位之下，屏蔽环用来屏蔽功能电刺激脉冲产生的伪迹信号，该系统解决现有技术手指类小关节治疗难以奏效的难题，本发明在瘫痪病人肢体运动功能康复治疗方面有广泛的用途。