本实用新型公开了一种磁芯清洗机构，包括运输机构、第二输送链、烘干机及超声波清洗机，运输机构包括若干条并排设置的第一输送链及挡板，第一输送链上设置有若干个通孔，第二输送链设置在运输机构的出料端；烘干机设置在第二输送链上；超声波清洗机设置在运输机构上；其中，第一输送链朝向第二输送链向下倾斜，第二输送链水平设置，运输机构与第二输送链之间设置有过渡板，过渡板包括金属，过渡板与第一输送链及第二输送链均圆滑过渡并接收来自第一输送链的磁芯，过渡板的上方设置有计数器。磁芯通过过渡板时，有效对批量的磁芯进行按量分批，在清洗与烘干工序之间即完成分批，在同一流水线上完成清洗分批与烘干，大大提高了工作效率。