本实用新型提供一种阵列毛细管电泳分离仪末端光吸收检测器，包括20‑30千伏高压电源、入射光纤组件和接收光纤组件，光接收二极管经过多根接收光纤连接到接收光纤准直块，入光纤准直块连接多根入射光纤出口端，多根入射光纤前部在周期性紫外光分配装置；毛细管进口端与20‑30千伏高压电源相连，毛细管末端、毛细管末端缓冲液容器一端与回路地线相连，毛细管末端缓冲液容器另一端接地；其中毛细管去除2mm长度的外保护层之后的光吸收测量窗口靠紧，但依次轴向错位。毛细管吸收窗口采取靠紧但依次轴向错位的方式，消除每根毛细管之间的光干扰，从而以较高的信噪比达到测量所有毛细管光吸收强弱的目的。