本实用新型涉及电子电路技术领域，提供一种电机控制器的故障保护电路。本实用新型所述的电机控制器的故障保护电路包括：故障信号处理电路以及PWM控制电路，其中，故障信号处理电路用于在未接收到故障信号时输出低电平的第一电平信号和高电平的第二电平信号，并在接收到故障信号时，输出高电平的第一电平信号和低电平的第二电平信号；PWM控制电路用于在到低电平的第一电平信号和高电平的第二电平信号时，控制电机正常运行并输出PWM信号至驱动板，在接收到高电平的第一电平信号和低电平的第二电平信号时，控制电机停止运行并输出电平信号至所述驱动板。本实用新型可以以较低的人工成本和材料成本检测电驱动系统的故障并进而进行保护。