本实用新型提供了一种自清理式生物肥原料粉碎机，包括壳体、设置在壳体中部的粉碎通道、设置在粉碎通道中的粉碎辊轮以及设置在粉碎辊轮一侧的清理机构，粉碎通道对应粉碎辊轮设置的位置有向内壁中凹陷形成容纳腔，所述粉碎辊轮有一半部分设置在容纳腔中，清理机构包括清理刷和清理刮头，清理刮头包括设置在转动轴上的若干弹性刮片；本实用新型的清理刷和清理刮头可以扫除秸秆等附着在齿片上的原料碎片和刮除部分紧密粘附在齿片上的原料碎块，从而将粉碎辊轮清理干净，保证其在工作过程中表面不会持续积累污垢，延长粉碎辊轮的正常使用时间，减少检修和清洁的时间与成本，相应的提高生产效率。