本实用新型提供了一种支气管镜放置导航系统的管镜存放装置，包括箱体，所述箱体的内侧安装有承重板，且承重板的一侧设置有两个导轨，载物台上设置有和导轨相匹配的开孔，且载物台的一侧设置有电机，所述电机的输出端安装有丝杆，所述载物台的一侧固定安装有矩形槽，且矩形槽的内侧安装有齿条，矩形槽和齿条滑动连接，所述矩形槽的顶端固定安装有第一齿轮，载物台的顶端安装有翻转架，且翻转架的一端安装有消毒箱，所述消毒箱的一端设置有扭转杆，翻转架的一端设置有和扭转杆相匹配的套环，且扭转杆的一侧固定安装有第二齿轮，第二齿轮和第一齿轮皆和矩形槽相互啮合；本实用新型的消毒箱和自动收进箱体内部，增加了工作效率。