本实用新型涉及水产养殖技术领域，具体地说，涉及一种水产养殖环境微生物治理设备，包括箱体，箱体的一端上部设置有进水管，箱体的另一端下部设置有排水管，箱体靠近进水管的一侧内部设置有混合仓，箱体靠近排水管的一侧内部设置有沉淀仓，混合仓与沉淀仓之间设置有搅拌仓，搅拌仓的顶部设置有EM菌投放管，混合仓的顶部设置有养料投放管，搅拌仓的底部内壁设置有电机，电机的顶部输出端连接有搅拌轴。本实用新型的设计能够将用于净水的物料与水充分混合，将混合后的水再通入养殖水域中，能够对一定范围的水域进行循环过滤，保证整个水域水质的净化，通过可调节式分隔机构能够将搅拌空间独立，方便EM菌物料搅拌均匀。