本实用新型公开了一种制药辅料锤式粉碎机粉碎机构，包括壳体和空腔，所述壳体的右侧从上至下依次设置有第一齿轮和第二齿轮，所述第二齿轮的右侧设置有电机，所述第一齿轮和第二齿轮的左侧分别固定连接有第一辊筒和第二辊筒，所述壳体的左侧固定连接有控制面板，所述控制面板左侧的顶部固定连接有单片机。本实用新型通过设置壳体、空腔、第一齿轮、第二齿轮、电机、第一辊筒、第二辊筒、控制面板、单片机、红外探测器、第一筛板、第二筛板、电动伸缩杆、活动板、第一磁铁和第二磁铁的配合，解决了传统的药材粉碎机构大都粉碎效率较低，且无法对粉碎后的药材进行单独筛选，从而增加了医护人员后期劳动强度的问题。