本发明属于可再生能源和环境污染物的资源化利用技术领域，公开一种低温生物质燃料电池与有机废水高级氧化装置的耦合系统。该耦合系统包括生物质氧化装置、燃料电池装置和高级氧化反应装置并依次连接；生物质氧化装置包括氧化反应槽和第一辅助组件；高级氧化反应装置包括降解反应槽和第二辅助组件；燃料电池装置包括阳极、阴极和质子交换膜；燃料电池装置通过导线与外接电设备相连，提供电能输出；氧化反应槽与阳极连接，降解反应槽与阴极连接；阳极和阴极中的电解液循环流动通过传输泵和连接管道实现；通过在该耦合系统中定时补加生物质原料和有机废水原料，在净化废水的同时，可以实现系统持续向外提供电能，供给外接电设备使用。