本发明公开了一种水产生态养殖方法，包括步骤：获取水体上层的水；使水流经装有微生物制剂的容器，微生物制剂对水体中的微生物进行菌种培殖；对水进行富氧处理；将富氧处理和富含菌种处理后的水输送到水体的底层；强迫富氧和富含菌种的水在水体中进行流动，使富氧和富含菌种的水遍布水体的底层。因为本发明是利用水体本身的菌种进行培殖的，这样不会引入外界的菌种，也无需使用抗生素，不会影响水体的质量和导致水体的生态平衡被打破，能够实现真正的无抗生态养殖。