本发明提出一种复合生物土壤改良剂及其制备方法和应用，属于生物技术领域，能够解决目前复合改良剂制备中忽视的生物炭自身呈碱性在改良盐碱土壤中受限和菌肥与土著微生物之间存在拮抗作用等问题。该技术方案包括一种复合生物土壤改良剂，按重量份数计，包括改性生物炭70‑80份，丛枝菌根真菌菌肥20‑30份；所述复合生物土壤改良剂通过制备改性生物炭、制备丛枝菌根真菌菌肥和混合等步骤制备得到，用于轻中度盐碱地的改良。本发明中改性生物炭和丛枝菌根真菌菌肥具有协同增效作用，生物炭直接改善盐碱土壤理化性质，降低表层土壤盐度，同时，可为微生物提供营养来源和避难所，保证丛枝菌根真菌菌肥中的微生物成活率，进而利用菌肥提高植物的耐盐性，促进植物生长，改良盐碱土壤。