本申请实施例提供的动物育种预测方法、装置、电子设备和存储介质，应用于电子设备，该方法包括：将多个预测样本对输入训练好的育种预测模型中进行预测，通过分类层对多个预测样本对进行分类，得到各个预测样本对的多个子代品质分类结果；并通过融合层对每个预测样本对的多个子代品质分类结果进行融合选择，获得该预测样本对的最终子代品质分类结果；输出层根据各个预测样本对的最终子代品质分类结果，筛选子代品质分类结果最优的预测样本对进行输出。本申请通过多个分类器对预测样本对的子代品质进行分类预测，以从多个预测样本对中预测出子代品质最佳的预测样本对，通过该预测样本对中的母本及父本进行育种繁殖，以获得较佳的子代品质。