本申请提供一种车辆行李舱门铰链结构及应用其的车辆，该行李舱门铰链结构包括铰链座、摆臂、铰链轴和升降机构；铰链轴穿过铰链座，摆臂的一端套接于铰链轴上并与铰链轴转动连接，升降机构能够带动铰链轴作升降运功；升降机构包括第一升降组件和第二升降组件；第一升降组件包括啮合连接的第一齿轮与第一齿条，第一齿轮套接于铰链轴上并与铰链座的一侧连接，第一齿条固定于铰链座的一侧；第二升降组件包括啮合连接的第二齿轮与第二齿条，第二齿轮与铰链座的另一侧贴合连接，并且第二齿轮与铰链轴的一端卡接，第二齿条固定于铰链座的另一侧。本申请提供的车辆行李舱门铰链结构能够通过齿轮齿条结构调节铰链轴的Z向高度，从而调节舱门与侧围面差。