本发明公开了一种耐热生物基嵌段共聚酯的制备方法，涉及聚酯制备技术领域，包括以下步骤：1）将2,5‑呋喃二甲酸、二元醇、催化剂、热稳定剂混合进行酯化反应，得到酯化物A；2）将二元醇卤化物、苯基硼酸和/或及其酯、金属催化剂、盐溶液、溶剂混合反应，经不良溶剂沉淀后得到二元醇A；3）将二元醇A、生物基二元酸、催化剂和热稳定剂进行酯化反应，得到酯化物B；4）将酯化物B进行预缩聚反应，制备得到预聚物；5）将预聚物酯化物A混合缩聚，得耐热生物基嵌段共聚酯。本发明制备得到的生物基嵌段共聚酯同时具备较高的降解性和耐热性，且色相良好，结构可控，工艺方法简单易行，利于工业化生产，可广泛应用于包装、纤维等领域应用。