本发明公开了一种集装箱船燃料舱的改装方法，包括以下步骤：拆除标货舱内的既有导轨架结构；根据目标货舱的舱壁结构特点，在目标货舱舱体内的前端部和后端部分别设置双层水密舱壁结构；在目标货舱内布置多个第一支撑座；将顶部安装有第二支撑座的B型燃料舱吊放到目标货舱内；在燃料供气结构模块的底部甲板上设置第一防火绝缘结构；将燃料供气结构模块吊放在B型燃料舱上部，并将B型燃料舱的管路系统和电气系统与燃料供气结构模块内的系统设备相连。本发明能够在最大程度保留原集装箱船体结构的基础上，将集装箱船从传统重油燃料改装为LNG燃料，大大降低了二氧化碳和氮氧化物的排放量，满足日益严格的环保要求。