窗口待发处方智能调剂方法及其系统，其中系统包括处方获取模块、配药优先模块、队列报警模块和极限差值模块，所述处方获取模块用于获取医院信息系统接收的已收费待发送处方信息，通过所述配药优先模块根据配药优先参数对待发送处方进行发送时间设置，通过所述队列报警模块根据队列报警值的设置，提示增减开放发药窗口的数量，通过所述极限差值模块提示配置不同模式的发药窗口的开放配比。通过配药优先级的设置，实现可根据处方的付费地点和处方所含药品品种数，合理规划处方的调配顺序，通过队列报警值的设置，精准化设定发药窗口开放的数量，通过不同发药模式窗口的极限差值的设置，合理化配置不同模式窗口的开放配比，从而获得高质量药学服务。