提供了用于内燃机的控制系统和内燃机。该控制系统包括控制器。该控制器估计回摆量，该回摆量指示直到曲轴停止为止曲轴在反向旋转方向的上的转动量。该控制器基于最终计数器值和估计出的回摆量来计算停止时间计数器值，该停止时间计数器值是在内燃机停止时曲柄计数器的值，该最终计数器值是曲轴停止之前最后计算出的曲柄计数器的值。该控制器基于如下差来校正用于计算停止时间计数器值的回摆量：所述差是参考映射图基于计算出的停止时间计数器值和曲柄计数器的值计算出的驱动次数与通过每当高压系统燃料压力增大了阈值以上时就将驱动次数增加一次而计算出的驱动次数之间的差。