本发明公开了一种黑臭河道水体治理系统，包括：靠近黑臭河道的第一侧岸体依次设置的第一隔断墙和第二隔断墙、靠近黑臭河道的第二侧岸体依次设置的第三隔断墙与第四隔断墙、设置在河道中心的水体中的污水净化装置、和过滤式传送带，污水净化装置包括：漏斗状进水口、竖直的连接管和净化单元，净化单元包括：依次连接的水平的第一厌氧反应管、竖直的第一倒U形反应管、水平的第二厌氧反应管、竖直的第二倒U形反应管和水平的好氧反应管。本发明系统运行时，既能清理黑臭水体的河道底泥，避免河底污泥对水体的持续污泥，同时，又综合使用厌氧‑氧化还原‑厌氧‑无机‑好氧模式，深度净化了水体，彻底改变底泥环境，运行成本低，无二次污染。