本发明公开了一种基于线路地图辅助设计的列车容限安全防护系统及方法，特殊区域列车容限判断模块根据对其管辖范围内所有列车的VB管理以及线路地图，对特殊区域是否已超过列车容限要求进行判断，特殊区域列车移动授权计算模块用于计算列车移动授权，计算移动授权所需信息包括列车容限是否超限判断，特殊区域列车紧急停车模块在监督到该特殊区域内的列车数量超过容限要求，则向侵入该特殊区域的所有CBTC列车发送紧急停车命令。本发明可实现对特殊区域列车容限的连续安全防护，有效解决前车退行以及ATP切除列车反向运行等情况下列车再驶入有容限要求区域时的连续安全防护问题。