本发明公开了一种用于输送疫苗药盒的分离计数的机构，包括药盒信息识别装置；疫苗药盒传输通道，疫苗药盒传输通道上设置有传输皮带、左导向板和右导向板，前端开设矩形孔；用于驱动传输皮带运动的输送驱动装置；设置于疫苗药盒传输通道左导向板或右导向板上且与矩形孔位置相对应的用于接收药盒状态信息的药盒接收装置；设置于疫苗药盒传输通道上靠近矩形孔一侧的计数器；设置于矩形孔下方并可上下运动穿过矩形孔的分离机构；控制器，根据药盒信息识别装置的识别结果和药盒接收装置的状态信息接收结果，控制分离机构上下运动，本发明的作用能够将投入到传输通道中的批量疫苗药盒稳定、有效的分离开，进行准确计数。