本申请公开了一种新型阿魏酸酯酶、突变体和应用，属于生物工程领域。本发明首先利用基因组学技术从厌氧真菌Neocallimastix sp.中成功筛选出一种阿魏酸酯酶基因，根据原核系统密码子使用的偏好性及阿魏酸酯酶基因的GC含量和mRNA的二级结构，对该阿魏酸酯酶基因进行密码子优化，得新型阿魏酸酯酶基因序列。该酶存在酯酶区和糖苷水解酶11区，对这两个区进行定点突变，得到的突变基因也在大肠杆菌中表达，分离纯化结果显示该新型阿魏酸酯酶及其突变体都成功地在大肠杆菌中表达，并且突变体的酯酶活性远低于未突变体，丰富了阿魏酸酯酶的菌种来源，在提高饲料纤维的消化率、改善动物生产性能方面具有理论上的指导意义。