本发明公开了一种基于位置偏差的浮托安装进船控制方法，涉及海洋工程领域领域，解决了驳船进船时在导管架围槽内左右晃动会发生碰撞的问题，其技术方案要点是包括有以下步骤：位于驳船正前方的第一拖船控制驳船的进船速度；位置测量系统测量第一位置参考点偏离中心线的第一横荡误差；绞车控制系统对第一横荡误差进行判断，并控制第一绞车和第二绞车转速调节以控制第一位置参考点恢复至中心线上；位置测量系统测量第二位置参考点偏离中心线的第二横荡误差，第二拖船和第三拖船根据第二横荡误差控制第二位置参考点恢复至中心线上，本发明的一种基于位置偏差的浮托安装进船控制方法，能够保证驳船安全的进船，避免进船时驳船和导管架的碰撞。