本发明公开了一种基于阵列线圈的磁场补偿方法及设备，该方法包括以下步骤：1)根据待补偿磁场类型，选择对应的磁场分解方法，获取目标磁场的分解结果；2)选择电流分布曲面，并建立阵列线圈中每个线圈内的电流密度函数，分解电流密度函数；3)建立从电流密度的流函数中各个基函数与目标磁场分解得到的基函数之间的关系；4)建立目标磁场分布优化函数；5)根据得到的优化函数获取目标磁场的阵列线圈的参数优化结果，从而确定流函数分布和线圈结构。本发明通过这种结合了目标磁场分布特征的优化设计，能够有效的减少补偿线圈数量，降低涡流效应，提高阵列线圈电流效率，优化磁场补偿的方案；能适应多种类的目标待补偿磁场分布，实现动态磁场补偿的目的。