本申请提供了一种回收含硅废水中可溶性硅的方法和系统，含硅废水预处理后泵入电絮凝装置中，经电絮凝后废水中产生含硅絮状物，电絮凝后的废水从排水口排入沉淀装置中，加入絮凝添加剂加速含硅絮状物凝聚沉降，再经过滤装置，固液分离得到含硅沉降物和澄清的废水，含硅沉降物干燥得到含硅副产物，澄清的废水泵入反渗透系统进行膜浓缩，分离得到高盐含量浓水和低盐含量的淡水，淡水进行生产回用，浓水加入除硅剂进行二次除硅，达到回收的目的。本发明所提供的方法除硅效率高，是一条高效经济又环境友好的水处理方法。本发明所提供的回收含硅废水中可溶性硅的系统，设备成熟度高、易于工业化，能够实现废水除硅，减少硅垢产生，减少设备维护成本。