本发明提供了一种船舶综合监测，控制及风险评估预测方法及系统，S1：搭建船舰控制终端设备，采集船舰运行数据；S2：根据船舶综合电力推进系统各功能单元组成，建立单元风险评估模型，获得各单元风险参数；S3：在船舶综合电力推进系统满负载全速航行状态和半负载巡航状态下对功能单元进行风险分级，获得满负载全速航行状态和半负载巡航状态下单元风险等级；S4根据单元风险评估模型和单元风险等级，建立系统风险评估矩阵；S5根据风险评估矩阵，对船舶综合电力推进系统进行系统潮流分析，得到单元失效下的一次船舶综合电力推进系统风险评估；S6根据所有单元风险参数随机生成单元的风险序列，根据单元风险序列对船舶综合电力推进系统进行多风险评估，得到系统风险参数和风险发生概率。本发明能够实现船舶运用数据准确、高效、实时的采集，并根据船舶综合电力推进系统的特性，对船舶综合电力推进系统进行风险发生概率和风险后果的评估，同时考虑单元失效‑环境影响‑系统状态三者之间的关系以及对船舶综合电力推进系统的影响。