本发明提供了一种深层地热井结构及废弃地热井的改造方法。该深层地热井结构包括：深层地热井本体和换热器；其中，深层地热井本体包括废弃地热井，废弃地热井的内壁上设有封堵层；换热器沿深层地热井本体的长度方向设置，并且，换热器与深层地热井本体的内壁之间留有空隙，以使换热器与深层地热井本体之间形成环形通道，换热介质在环形通道流动且与深层地热井本体四周的岩层进行换热，并在自换热器的末端流动至换热器内，以沿换热器抽至地面进行供暖。本发明对现有废弃地热井结构进行改造并利用，不仅降低投资，而且只采热不采水，在保护地下水和环境的同时产生经济价值，提升了地热采暖技术的单位投资取热量，以及地热供暖经济性。