本发明涉及一种深水气液混输双管系统偏流控制方法和系统，其包括：气液混输双管系统，包括水下管汇、两海底管道、两立管，水下管汇连接水下井口生产设施，水下管汇的两出口端分别连接两海底管道的入口端，两海底管道的出口端分别连接两立管的入口端，两立管的出口端与平台工艺系统相连；传感器测量系统，用于测量两立管入口端的压力信号并发送到服务器；服务器根据该测量信号生成偏流控制启动信号发送到PID控制系统；PID控制系统用于生成阀控信号发送到阀控系统；阀控系统根据阀控信号实现对气液混输双管系统的偏流控制。本发明适用于深水油气田气液混输双管系统发生偏流后对偏流的改善或消除措施。