本发明公开了一种医院污水处理系统，包括：污水处理结构和两个管道结构，所述污水处理结构包括：处理箱；箱盖；进水机构；过滤机构；设置在所述处理箱内中部并连通所述过滤机构的搅拌腔；安装在所述处理箱外壁，并连通所述搅拌腔的药剂添加机构；设置在所述处理箱内下部的消毒机构；固定在所述处理箱外壁，并连通所述消毒机构和所述搅拌腔的连通管；所述管道结构包括：多根管体；密封内衬；内管；与所述内管两端分别一体成型的一对连接法兰；用于推抵所述管体外壁的四个阻挡机构；用于夹紧两个密封连接的所述连接法兰的一对夹板。本发明能避免过滤后杂物堆积，提高过滤效果，并且降低外界因素对进水排水管道的影响。