本发明公开了一种金针菇高通量表型信息获取的方法，该方法采用金针菇子实体取样、图像扫描、机器视觉识别、人工智能算法，通过子实体切割扫描图像自动大批量计算金针菇子实体的菌盖近圆率、菌盖面积、菌盖着生点和中轴距，利用图像分段切割方法自动大批量测量菌杆长度和宽度数据，基于标准金针菇子实体图像颜色信息自动大批量测量金针菇菌盖和菌杆的标准色距，从而大批量获取金针菇子实体表型信息。本发明采用机器视觉识别算法和深度学习模型，减少了金针菇育种工作中的人工操作，降低测量系统误差和随机误差，提高考种数据的可靠性。