本发明提供了一种人工浮岛耦合微生物燃料电池的水质净化系统和方法，所述系统包括微生物燃料电池和生态景观浮岛，所述微生物燃料电池包括电池系统和电池电能收集系统，所述电池系统包括阳极、阴极和变阻箱，所述阳极埋入底泥5‑10cm处，并通过导线连接变阻箱和阴极，所述阴极为碳毡阴极，阴极四周包裹泡沫从而浮于水面上；在所述阳极上方的底泥中设有隔离网，在所述隔离网上投放有水丝蚓，在隔离网与阳极之间铺设有2‑3cm厚的生物炭层。本发明利用水丝蚓来捕食底泥中的细菌和有机质，并通过肠管使这些食物得到一定程度的矿化，为产电微生物提供可利用的有机物，从而增加电池电压。