本发明公开一种具有关联特性的脉冲星信号模拟系统及方法，其中模拟方法包括如下步骤：利用天体热辐射模型及特性，构建脉冲星热光辐射模块，模拟脉冲星热光关联特性辐射信号，获得热光辐射的光子概率；选择需要模拟的脉冲星，利用所述脉冲星的周期性实测光子流量函数，对热光辐射的光子概率进行调制，获得脉冲星信号轮廓的调制，实现脉冲星周期性关联辐射信号模拟；将脉冲星辐射周期性关联辐射信号模拟生成的光子时间序列，随机分配到双通道中，完成航天器实测脉冲星关联信号的模拟。本发明能够产生具有关联特性、符合度高、适合多情形应用的脉冲星信号。