本发明公开了一种车载供氢系统的控制器及控制方法，在车载供氢系统的控制器中，信号采集模块输入端与车载供氢系统连接，输出端与微处理器连接，用于采集车载供氢系统的数据信息，并将数据信息发送至微处理器，微处理器根据数据信息生成第一控制指令；微处理器与第一总线收发模块连接，用于将数据信息发送至汽车电子控制器，并接收汽车电子控制器发送的第二控制指令，并将第二控制指令发送至控制模块；控制模块的输入端与微处理器连接，输出端与车载供氢系统的各电磁阀连接，用于根据第一控制指令及第二控制指令控制各电磁阀动作。通过实施本发明，连续监视并控制车载供氢系统的运行状态，保证整个车载供氢系统处于安全、可靠、稳定的运行状态。